La bactériologie médicale n'est pas une science exacte mais les vingt dernières années ont apporté des progrès analytiques considérables sur l'évaluation en routine des C.M.I. (concentrations minimales inhibitrices) par des automates. Les notions brutes "sensible", "intermédiaire" et "résistant" sont de plus en plus fiables mais leur lecture ne doit pas s'effectuer antibiotique par antibiotique. Elles doivent être situées dans le contexte global de l'antibiogramme et impliquer une lecture interprétative.
Grâce à de nombreuses données bibliographiques, il est possible d'établir au vu des résultats de l'antibiogramme les mécanismes avec lesquels une bactérie isolée d'un prélèvement diagnostic résiste à une famille d'antibiotique sans utiliser la biologie moléculaire. Ce raisonnement est de nos jours établi par des systèmes experts couplés à des base de données (plus de 100.000 entrées). Le résultat est le phénotype de résistance. Ce dernier peut être "sauvage", c'est à dire naturel, sans mécanisme acquis de résistance. De nombreux phénotypes de résistance peuvent être déterminés par ces systèmes experts, mais pas tous. Notre automate possède une carte de 2000 phénotypes.
Lorsqu'un mécanisme de résistance vis à vis d'une famille d'antibiotique a été mis en évidence, il est prudent d'éviter si possible l'utilisation de cette famille, même si les molécules les plus récentes apparaissent sensibles. Le risque d'échec thérapeutique est majoré. Même sans phénotype déterminé, le même raisonnement sur les résultats bruts de l'antibiogramme est applicable. Il faut éviter les familles d'antibiotiques pour lesquelles une résistance a été mise en évidence pour un de ses membres.
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